От ряда участников процесса, сторонних разработчиков ПО и общественных организаций раздавались жалобы на многочисленные нарушения в ходе процедуры рассмотрения OOXML в ISO и качество стандартизованных спецификаций. Более значимыми причинами, впрочем, возможно, стали проведенное тестирование Microsoft Office 2007, которое показало, что собственный стандарт Microsoft в его сертифицированном ISO виде офисным пакетом не поддерживается, и недавнее заявление Microsoft о том, что его поддержка не будет реализована до выхода Office 14, запланированного на 2009–2010 гг.
Закономерным продолжением жалоб стали формальные апелляции по поводу стандартизации ISO/IEC 29500. Апелляции, адресованные руководителям ISO и IEC, по данным Groklaw, поданы национальными органами по стандартизации ЮАР, Бразилии и Индии. Есть сведения о протесте Дании, однако, непонятно, является ли он формальной апелляцией — ISO пока не опубликовала данные о количестве полученных апелляций.
Основные претензии национальных комитетов к ISO — несоблюдение требуемых процедур в процессе обсуждения, которое не позволило удовлетворительным образом обсудить и устранить замечания национальных комитетов к проекту стандарта, отсутствие консенсуса в ходе согласительной встречи, а также тот факт, что в нарушение регламента, предписывающего публикацию текста стандарта в течение месяца по окончании обсуждения, его текст до сих пор не опубликован.
Помимо этого, Бюро стандартов ЮАР указывает, что эти нарушения вредят репутации ISO и IEC, а также их членов.
Процесс рассмотрения апелляций в ISO достаточно бюрократизирован, и, как отмечают некоторые специалисты, по иронии, люди, которые, согласно регламенту, будут участвовать в рассмотрении апелляций, «по совместительству» являлись организаторами или участвовали в организации тех самых процедур, по поводу которых у национальных комитетов возникли вопросы к ISO. Тем не менее, сам факт превращения недовольства в формальные протесты привлекает достаточно внимания к проблеме и может стать препятствием для закрепления «международного» статуса OOXML.
Впрочем, Microsoft уже подготовила обходные пути — одновременно с заявлением о том, что поддержка OOXML в закрепленном ISO/IEC 29500 виде будет реализована в Office 14, сообщено о плане по реализации поддержки альтернативного свободного формата офисных документов OpenDocument Format (ODF) в